Ela é muito levemente baseada na vida da médica legista Kathy Reichs, que é uma das produtoras do programa. A personagem que dá o título à série, Dra. Temperance "Bones" Brennan, partilha o nome com a protagonista de vários romances policiais de Reichs.
A série trata de investigação em casos de assassinato tratados pelo FBI envolvendo com os restos mortais das vítimas - especialmente ossos - que são analisadas pelos pesquisadores do Jeffersonian Institution comandados pela Dra. Brennan após terem sido trazidos pelo agente especial Seeley Booth.
Seus pais desapareceram quando ela tinha seis anos e seu irmão, Russ, dez. Russ foge e Breenan é mandada para a adoção. Na primeira temporada, descobre que seus pais não eram exatamente que ela achava que eram. Na terceira, descobre que seus pais era assaltantes de bancos que obtiveram novas identidas (inclusive para ela e para Russ, presumindo-se que Temperance não era seu nome de nacença. Ao encontrar seu pai (na segunda temporada, já que sua mãe estava morta havia anos), ela mantém um relacionamento hostil devido ao seu passado e por querer vingança. Ao longo da segunda e da terceira temporada, ela perdoa seu pai que é julago por seus crimes e condenado a alguns dias em prisão federal e serviço social durante dois anos. Ela também retoma contato com seu irmão.
Ela é uma empirista lógica e é muito racional. Seu brilhantismo intelectual permite-lhe fazer um trabalho inovador, mas sua falta de habilidade social fornece a maioria de humor leve do show, como, por exemplo, é extremamente literal, sendo assim não consegue entender direito gírias, piadas e frases no sentido figurado (na maioria das vezes Booth ou a Angela "traduzem" para ela seu significado). Ao longo da série, se apaixona por Booth, mas como ela mesma não consegue perceber, não admite, o que ocorre na quinta temporada.
Na segunda temporada, é enterrado junto com Jack Hodgins em um carro, vítima do serial killer que se alto-denomina O Coveiro. Eles conseguem escapar. O pai de Breenan é um forte apoio emocional para ela no penultimo episódio da quinta temporada, quando ocorre o julgamento do Coveiro, apesar de ser preso novamente por ter tentado matar a ré. Ele é solto ao final do episódio
David Boreanaz: Agente Especial Seeley Joseph Booth.
Brennan ajuda o Agente Especial Booth em suas investigações, envolvendo restos humanos que não podem ser identificados sem habilidades da antropologia forense. É pai solteiro de um garotinho chamado Parker.
Em contraste com os outros personagens principais, Booth tem conhecimento limitado da ciência. Ele prevê também a dicotomia entre ciência e emoção. Booth é o intuitivo humanista, conhecido por sua capacidade de adivinhar os motivos das pessoas. Ele é um ex-franco atirador do Exército e tem uma intensa aversão a palhaços. Odeia matar pessoas e por causa de sua ex-profissão já matou cerca de 50 e ainda sente muito remorso disso. Booth adora usar meias, gravatas e fivelas de cintos bem chamativos. Se apaixona pela Dra. Brennan (desde o início da série ele a chama de "Bones"), e mesmo ciente desse sentimento, foge dele, pois como são parceiros eles não podem se envolver amorosamente. Porém, na quinta temporada, ele se declara e Breenan diz sentir o mesmo, mas não querer correr o risco de transformar a amizade em uma relação amorosa.
Na quarta tempora, o Coveiro volta à série e o sequestra, colocando-o dentro de um navio que o o governo em breve irá explodir para usar de recife artificial. Ao invéz de dinheiro, ele pede uma evidência do caso do Coveiro que estava sob poder de Hodgins. O entomologista a entrge no local indicado e esta explode com uma bomba escondida. Ao final, descobre-se que o Coveiro era a promotora de justiça no próprio caso do Coveiro, Heather Taffet. Com a ajuda do irmão de Booth, Heather é presa e, na quinta temporada, julgada e condenada por sequestros e assassinatos, sendo considerada culpada.
Michaela Conlin: Angela Montenegro.
Uma artista forense no Instituto de Jeffersonian e é a melhor amiga de Brennan.
Angela é especialista na reconstrução craniofacial e pode gerar hologramas usando seu programa gráfico 3D para simular diversos cenários de um crime.
Na primeira temporada ela se mostra amedontrada por ter que dar rostos á crãnios e quase abandona o Jeffersonian, mas Breenan diz que seu trabalho é insubstituível dentro do Jeffersonian, convencedo-a a ficar.
Na segunda temporada, Angela se apaixona por Jack Hodgins, o entomologista do Jeffersonian. A última cena da segunda temporada é a cena do casamento dos dois, que é interrompida quando agentes federais aparecem e dizem que Angela era casada com um neo-zeland~es cujo apelido era Berimbau. Hodgins não liga para isso e junto fogem da igreja. Durante toda a terceira temporada, Angela e Hodgins tentam, através de agentes do governo, encontrar Berimbau. Quando finalmente o fazem, este recusa a se divorciar de Angela, provando fortes brigas com Hodgins. Quando finalmente ocorre o divórcio, Angela e Hodgins já se separara.
Na quarta temporada, Angela inica um período de celibato, que é rompido quando ela inicia um namoro com um dos estagiários do Jeffersonian (quinta temporada). Este namoro é rápido e os sentimentos dela por Hodgins volta, mas não lhe diz nada. Por fim, em um dos últimos episódios da quinta temporada, ela e Hodgins são presos e passam um tempo na cadeia até que a fiança seja paga. Neste curto tempo que passaram juntos, eles se declaram e são casados pelo delegado local, mantendo isso em segredo de seus amigos até o episódio seguinte.
Eric Millegan: Zack Addy.
É apresentado como estudante de pós-graduação e assistente no Instituto de Jeffersonian no início da série. Na segunda temporada, ele recebe seu doutorado em Antropologia Forense e se torna um antropólogo forense profissional.
Embora bem-intencionado, útil e amigável, quando a situação exige uma interação social ou da intuição, ele é muitas vezes confuso. Ele é extremamente inteligente e é o melhor amigo de Hodgins. Devido à sua idade, seus amigos de trabalho dizem que ele nunca namorou alguém, fato que ele nega com convicção.
No último episódio da segunda temporada, ele demostra forte nervosismo. Seeley Booth pergunta o que está ocorrendo e ele diz que recebeu uma intimação para ir à guerra no Iraque. A terceira temporada começa três meses depois e a Dr. Breenan está procurando um substituto para Zack, mas não encontra ninguém que possa substituí-lo. Zack retorna do Iraque ainda neste episódio, causando alegria de todos os seus amigos de trabalho.
A terceira temporada se inicia com uma série de crimes que revelam a existência de uma sociedade secreta responsáveis por rituais de canibalismo. Ainda no primeiro episódio da terceira temporada, descobre-se que sempre haverá um mestre (chamado de Gormogon) e um aprendiz (que comete suicídio e precisa ser substituído). No último episódio da temporada, descobre-se que Zack substituiu o aprendiz morto. Ele faz uma acordo com uma advogada amiga do grupo, Caroline, e é considerado como portador de deficiência mental,sendo mandado para uma prisão psquiátrica, além de ser acusado de ter matado a vítima do ritual de canibalismo
T.J. Thyne: Jack Hodgins.
Entomologista e também é um especialista em esporos e minerais.
Ele é uma das pessoas mais normais no grupo e ajuda Zack a ser socialmente normal. Sua normalidade é contestada por acreditar em uma enorme conspiração dentro do governo americano. Sua família é extremamente rica e são grandes patrocinadores da instituto Jeffersonian.
Abrigou Zack em sua grande casa durante anos até que este foi mandado para uma prisão psquiátrica (terceira temporada).
Na segunda temporada, ele e a Dr. Breenan são sequestrados por um serial killer denominado "O Coveiro", cujo MO (Modus Operandi) é enterrar as pessoas e, atráves de um modificador de voz, pedir por dinheiro. Caso este seja entregue, ele dá as localizações geográficas do local onde a pessoa está enterrada. Caso contrário, a pessoa morrerá enterrada. Com um pouco de astúcia, ele e Breenan conseguem escapar, mas o Coveiro não é pego.
Tamara Taylor: Camille Saroyan.
É a chefe da Divisão de Polícia no Jeffersonian Instituto.
Ela foi introduzida no primeiro episódio da segunda temporada, após ser contratada pelo Dr. Goodman enquanto o Dr. Brennan estava de férias. Ela foi uma médica legista de Nova York antes de assumir a posição no jeffersonian.
Cam, como é conhecida, e a Dra. Brennan tem uma relação estritamente pofissional, uma vez que discordam em diversas ocasiões dos métodos de trabalho. Ao começo da quinta temporada, fica evidente que uma amizade floresceu entre as duas, o que é confirmado no último episódio, quando Camille diz que Breenan é insubstituível.
John Francis Daley: Lance Sweets.
Um psicólogo incorporado pelo FBI para tentar estudar a relação complexa entre Booth e Brennan.
O personagem fez sua primeira aparição no quarto episódio da terceira temporada e tornou-se um membro do elenco principal.
Com sua grande capacidade analítica auxilia Booth e Brennan a solucionar os casos ao longo da série.
No último episódio da terceira temproada, pensa que Hodgins é um aprendiz de canibal devido às sua teorias conspiratórias e na quarrta temporada inicia um namoro com uma das estagiárias no Jeffersonian, Dayse. Namoro este rompido no último episódio da quinta temporada.
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